Quando Guglielmo va al potere, alla morte del padre, molti sono i problemi ereditati, tra questi c'è il completamento della Reggia e, soprattutto, c'è il completamento della Cappella Palatina, nonostante siano già molti che la magnificano, anche se non ultimata. Completare qualcosa già di incredibilmente bello significa che ci si espone ad errori e critiche. Si può solo sbagliare. E Guglielmo sbaglia. In eredità si trova qualcosa al tempo stesso legata alla tradizione e contemporaneamente innovativa. La Reggia è nell'architettura legata alla tradizione araba e decorativamente legata a quella bizantina. L'impostazione della Cappella è scontata: due assi prospettici a croce bizantina, che già Ruggero ha cambiata in croce latina, con due assi narrativi, l'asse religioso cristiano con il Pantocratore come fulcro e l'asse della mitologia orientale, persiana, come abbiamo già definito, con le danzatrici, i suonatori di liuto, i cantastorie e gli innumerevoli bevitori distribuiti per ogni dove nel grande soffitto ligneo tra pavoni, cammelli e fantastiche fiere. Tutto è già, anche se ancora non completato, concluso, perfettamente armonico, l'armonia, appunto bizantina. Tutti ne tessono le lodi, è perfetta, i mosaici semplicemente meravigliosi. C'è nell'opera una straordinarietà che si trova già nella chiesa di Cefalù e di Monreale, le cui nanovalanze materiali e artistiche sono state chiamate a Palermo proprio per realizzare la Cappella. E' tutto perfetto e concluso, anche se... la cappella non è conclusa per niente. Guglielmo si trova davanti un capolavoro, ne più ne meno. Può fare solo una cosa: sbagliare, come detto. E Guglielmo sbaglia. Nel tentativo d'assere all'altezza dell'opera ereditata, iniziata dal padre, aggiunge un terzo asse prospettico, quello dinastico, e tutto diventa confuso, artisticamente non risolto. Trasforma un equilibrio semplice e tradizionale in un equilibrio che potremmo definire asimmetrico, dinamico, modernissimo. Ma siccome sta intervenendo nel XII secolo su un opera bizantina è solo, e può essere solo, un enorme sbaglio. Sono narrazioni,
decorativamente parlando, che unite non possono ingenerare che uno stridente contrasto. Quello che si porta al termine forse andava ripensato prima. Questa è, se volete, una bocciatura critica, ma di fronte alla storia, all'enormità della bellezza creata può essere perdonato, perchè la storia non commette mai errori, perchè nel tempo la volontà dei singoli, anche se Re, scompare di fronte alla qualità sedimentata, prodotta dal tempo nel tempo. La Cappella Palatina è un opera d'arte, che verrà, come adesso vedremo, più volte manomessa, corretta, mutata, “restaurata”. E' il destino di tutto quello che ha a che fare con la storia “viva”.

La Cappella è ultimata che già inizia la guerra col tempo.

Nel Trecento, al tempo della regina Elisabetta, iniziano i primi restauri. Nella seconda metà del '400 i Re Giovanni d'Aragona e Ferdinando il Cattolico fanno realizzare aureole dorate a gran parte delle figure profane e aggiungono altri santi laddove quelli passati erano danneggiati.

Nei primi anni del '500 Pietro Oddo demolisce le scene di caccia che ornavano il portico meridionale sostituendole con altre figure dell'Antico Testamento.

Alla fine del '700 e gli inizi dell'800 arriva, addirittura, la Scuola di Restauro fondata da Re Carlo III. La quale proprio perchè di “restauro” modifica molte opere d'arte siciliane in gran parte in barocco, o con trasformazioni del tutto inopportune. E ciò porta ad affermare molti che le opere di quel periodo come la Cappella Palatina d'oggi “non è' più, certamente,quella del XlI secolo... e con altrettanta sicurezza, che nessun monumento siciliano di quel secolo ha conservato meglio della Palatina l'aura e l'impronta d'origine.”