Federico II, dimostrò tutta la sua personalità di vero e proprio leader in tutti i campi. In politica, come nella cultura, la sua presenza si delineò in modo fortissimo, tanto che, alla sua morte, avvenuta improvvisamente il 13 dicembre 1250 a Fiorentino in Puglia, l'instabilità che ne scaturì dimostrarono il suo peso umano e politico. La rapida dissoluzione della sua opera ne segnò comunque un dopo, sottolineando quanto aveva fatto in vita nel suo regno di Sicilia.

 

Mecenate intelligente come lo furono successivamente i principi del cinquecento e cultore appassionato di arte e cultura, tale da creare intorno a sè una corte d'artisti. Precursore illuminato del nazionalismo risorgimentale, in questa visione dell'Italia unificata, tanto che il grande medievalista Gioacchino Volpe sottolinea proprio questa aspirazione unificatrice della penisola, perseguita da suo figlio Manfredi e dai signori nel Trecento e nel Quattrocento, fino alla creazione dell'unità italiana realizzata dalla dinastia sabauda.
La sua è una figura che non può essere ignorata. Molte sono le leggende popolari sorte intorno a lui, idealizzato come insuperabile del tipo umano, o come eretico ed epicureo, posto tra le fiamme eterne dell'inferno dantesco della Divina Commedia di Dante.
Nella storia Federico II si afferma come fulcro nello sviluppo stesso della civiltà europea, cerniera del passaggio tra il mondo medievale e quello moderno, anticipatore dei contatti tra la società occidentale e quella orientale.
Nella «Carta di Ebstorf» , da lui stesso commissionata, non geografica ma ideologica, viene rappresentata in figura del corpo di Cristo, su cui si distribuiscono come organi le terre d'Europa, la Sicilia assume il posto del cuore. E' dimostrazione del suo amore per l'isola, la quale, nei resti architettonici lasciati e nella stessa cultura, deve ancora oggi molto alla sua lungimiranza e al suo stesso splendore.