Il regno di Sicilia di Federico II di Svevia, nonostante la sua formazione cristiana, può essere definito rappresentativo dell’ideale di un impero indipendente dalla Chiesa. Concepì per primo, una monarchia assoluta e con i suoi trattati ne gettò le fondamenta. (con il suo Liber Augustalis e con le Costituzioni melfitane del 1231, fino alla visione della monarchia come legge suprema, lex soluta legibus.
Sotto tale ottica egli portò avanti lotte (vittoriose) con le realtà politiche sue contemporanee, e cioè contro il papato, contro i comuni italiani e contro i baroni tedeschi.
Federico II fu scomunicato da papa Gregorio IX. Senza nessun tipo di sottomissione, Federico lo affrontò a Ceprano e lo sconfisse, con lui concluse, nel 1230, la pace che fu chiamata di San Germano. Nonostante gli attriti con la Santa Sede, fu tra gli organizzatori della quarta crociata, che proprio per sua volontà fu più diplomatica che guerreggiata con le armi. Nonostante la scomunica papale, nel 1228 Federico II entrò a Gerusalemme, e si incoronò re nella chiesa del Santo Sepolcro.

Con altrettanta decisione affrontò i ribelli arabi che gli si opponevano in Sicilia, catturati furono esiliati a Lucera.
Proprio per fronteggiare le frequenti ribellioni, Federico diede inizio alla costruzione di castelli e torri. Si ricorda, ad esempio, il castello Ursino di Catania, costruito dal praefectus aedificiorum Riccardo da Lentini, il quale, si narra, creò una nicchia nella facciata principale in cui è raffigurata l’aquila sveva che strozza un agnello. La raffigurazione sarebbe stata introdotta a memoria della rivolta popolare catanese del 1232, naturalmente domata da Federico II. Sempre in risposta ad insurrezioni (quelle di Centuripe e di Montalbano) sarebbe stato costruito il castello di Augusta. Facente parte della straordinaria rete difensiva federiciana sono anche la maestosa torre di Enna e il castello Maniace di Siracusa. In generale la sua memoria perdura in numerosissime costruzioni sparse un pò ovunque per l'Italia, tanto che dopo la sua morte si continuò a edificare similmente con la cosiddetta «arte chiaramontana» di ispirazione sveva. Un esempio: il palazzo dello Steri di Palermo.

Furono stipulati accordi marittimi con la Tunisia e le repubbliche marinare

Nel suo regno si cambiò il corso delle monete. Al tarì amalfitano furono sostituiti gli augustali, con un nuovo conio di livello artistico opera di Balduino Pagano da Messina.

Con una decisione precorritrice dei tempi (ribadendo quella presa dal re Ruggero II nel 1129), Federico II diede ingresso nel parlamento di Foggia del 1240 ai rappresentanti delle città di Palermo, Messina, Catania, Siracusa, Trapani, Enna, Augusta, Nicosia, Caltagirone, Lentini e Piazza Armerina. Solo il 14 dicembre 1264, per volontà di Simone di Montfort, furono introdotti nel parlamento britannico i rappresentanti dei comuni, origine della futura "Camera dei Comuni".