Evidentemente la situazione alquanto incerta: Alla morte dello stesso Matteo d’Aiello, (che Tancredi aveva elevato al cancellierato del regno) i nobili pugliesi chiesero di nuovo l'intervento di Enrico VI. Stavolta il re svevo, non avendo opposto eserciti di sorta, in una marcia trionfale conquistò tutte le terre del regno. E mentre la regina Sibilla, con i figli e i dignitari rimasti fedeli, si rifuggiava nel castello di Caltabellotta, Enrico VI il 25 dicembre 1194 si fece incoronare a Palermo re di Sicilia. Il fratello dell'arcivescovo Gualtiero Offamil, Bartolomeo, anch'esso arcivescovo, incoronandolo, chiuse tutte le dispute per la successione al regno iniziate alla morte di Guglielmo II il normanno.
Con grande magnanimità il 29 dicembre 1194 Enrico fece venire a Palermo la regina Sibilla e i suoi figli (e i dignitari normanni rimasti a lei fedeli), promettendo le contee di Lecce e di Taranto per il giovane Guglielmo, figlio successore di Tancredi. La generosa offerta si dimostrò, però, l'abile tentativo di fare prigionieri i nemici che gli erano rimasti. Con il tradimento caduti in mano sua, la famiglia di Tancredi fu, prigioniera, deportata in Germania. Il piccolo Guglielmo a Omburg, tra 1198-1199, fu crudelmente ucciso, in modo da cancellare i normanni che ancora potevano mettere in pericolo la sua corona. Le figlie di Tancredi, non rappresentando un pericolo, furono fatte diversamente sposare con vari notabili tedeschi. Era così definitivamente estinta la dinastia normanna.
Il suo regno durò dal 1194 al 1197. Nonostante la sua brevità la sua reggienza è passata alla storia per la sua efferatezza. Aizzato dal vescovo d’Ildessein e dal maresciallo Marcovaldo di Auweiler, Enrico VI si accanì contro ogni possibile avversario, con torture, accecamenti, impiccagioni e scorticamenti, fino alla morte. La stessa moglie Costanza d’Altavilla si rese conto della crudeltà e gratuità delle pene che infliggeva agli avversari e al popolo tutto, tanto che, con la guida di Guglielmo Lo Monaco signore di Castrogiovanni (oggi Enna) intraprese la ribellione contro Enrico.
La forza della rivolta e le sue precarie condizioni di salute portarono il re a rifuggiarsi a Messina, dove morì improvvisamente il 25 settembre 1197. Ciononostante fu sepolto nel duomo di Palermo.