Mozia era situata sull'attuale isola di San Pantaleo nel tratto di mare conosciuto come “Stagnone di Marsala”, tra l'Isola Grande e la terraferma, presso, appunto, Marsala in provincia di Trapani.
Anticamente era presente una strada sommersa, che la collegava alla terraferma, ma le alghe e l'innalzamento del livello dell'acqua, di circa mezzo metro, l'hanno resa impraticabile.

Le esplorazioni dei mercanti-navigatori fenici verso il mediterraneo occidentale li portarono ad insediarsi nell'isola, ( è testimoniato un insediamento della fine dell'VIII secolo a. C. ) ottimo attracco che li facilitava nei loro commerci. Anticamente sul luogo si trovavano piccoli insediamenti preistorici di scarso interesse. Tucidite riporta della colonizzazione fenicia, concentratasi nella parte occidentale della Sicilia ( ivi fondarono Mozia, Solunto e Palermo ).
La rivalità tra la colonizzazione fenicia e quella greca è provata dalle antiche mura che circondavano l'isola di Mozia, risalenti al VI secolo a. C. , a causa delle spedizioni dei greci Pentatlo e di Dorieo.

Diodoro Siculo ci ha lasciato una descrizione della città cartaginese:
"era situata su un'isola che dista sei stadi dalla Sicilia ed era abbellita artisticamente in sommo grado con numerose belle case, grazie alla prosperità degli abitanti".
Nella continua guerra tra le polis siciliane, greche o cartaginesi che fossero, il destino era essere distrutte e continuamente ricostruite. Questo capitò anche a Mozia. Nel 397 a. C. la città fu conquistata da Dioniso I di Siracusa e rasa al suolo. Successivamente, ripresa dai cartaginesi fu ricostruita, ma la fondazione della vicina Lilibeom le fece perdere la sua antica importanza. Col passare del tempo venne progressivamente abbandonata.
Nel 241 a. C. la battaglia delle isole Egadi sanzionò il passaggio dell'intera Sicilia sotto il dominio Romano ( a parte Siracusa ).