Adiacente al Convento dei Cappuccini vi è la loro Chiesa, dedicata a San Francesco d'Assisi. Al suo interno sono custodite diverse opere d’arte, come tre tele del Seicento. La prima, degli inizi del secolo, attribuita ad Antonio Giuffrè, raffigura la Madonna di Loreto, le altre due mostrano un cenacolo (del 1634) ed una Vergine degli Angeli, ambedue realizzate da Frate Umile da Messina, allievo di Alfonso Rodriguez, a sua volta discepolo del Caravaggio. All’interno della Chiesa si possono, anche, apprezzare due pregevoli altari in marmo ed in legno, come pure una statuina rappresentante Santa Maria Bambina, del XVIII secolo. Altre opere notevoli sono state spostate, per motivi di sicurezza, nel convento dei Cappuccini di Cefalù.
Sempre all’interno si trovano cinque sepolture, una a sarcofago e quattro a pavimento. Vi sono stati tumulati, in quattro di queste, dei notabili savocesi dell’Ottocento. Nella quinta sepoltura (a pavimento), vi si trovano le vestigia di frati che vissero nel convento in epoche storiche diverse.

La parte più importante del Convento e della Chiesa dei Cappuccini è la cripta sottostante, che ha, oltretutto, resa famosa la cittadina di Savoca. Essa fu costruita al di sotto della Chiesa e della prospiciente piazzetta, agli inizi del '600. Al suo interno vi si trovano 37 mummie. La prima risale al 1776, del nobile Pietro Salvadore, e l’ultima al 1876, quella di Giuseppe Trischitta. Come per il Convento dei Cappuccini di Palermo, le mummie appartengono all'aristocrazia di Savoca, come, ad esempio, nobili patrizi, avvocati, preti, monaci, abati, medici, poeti, magistrati e tre bambini. Poiché le mummie, alla fine del processo di imbalsamazione, venivano rivestite  di eleganti abiti, nelle nicchie e nelle bare che le contengono,  ci appare, quasi una foto, un piccolo paese d'epoca: la Savoca di una volta.
Delle 37 mummie, 17 sono esposte lungo una parete della cripta, contenute in nicchie, le altre sono conservate in urne e bare, sempre del sotterraneo. E’ presente anche un altare, probabilmente per la celebrazione di messe in suffragio.
Per “produrre” una mummia occorrevano circa sessanta giorni ed il procedimento di mummificazione era simile in quasi tutta la Sicilia. Era un metodo detto dell'essiccazione naturale. La salma, inizialmente, subiva un bagno di due giorni in una diluizione di sale e aceto. Dopo aver atteso lo scolamento delle viscere, veniva portata nella cripta, dove avveniva, grazie alle correnti d’aria proprie dell’ambiente, l’essicazione “naturale”. Ottenuta la mummia, la si rivestiva dei suoi abiti e messa in mostra solennemente all’interno della cripta.

Che quella della mummificazione fosse diventata una specie di moda nell’Ottocento siciliano lo dimostra la presenza nella stessa Savoca (e nel resto della Sicilia, come vedremo) di altre cripte e di altre mummie, come nella Chiesa madre di Santa Maria in Cielo Assunta, edificata nel 1130 e oggi monumento nazionale italiano, al cui interno sono conservate altre salme di notabili del paese.
Nel 1998, durante i lavori di restauro della Chiesa dell'Immacolata andata in rovina (per essere adibita a centro filarmonico comunale), fu rinvenuta, sotto il pavimento del tempio, l’antica cripta, dove venivano sepolti i frati del Convento dei Frati Minori Francescani e gli abitanti, stessi, del quartiere di San Rocco.