L’assetto urbanistico di Morgantina segue, sostanzialmente, l’andamento declinante del terreno. Posta sulla strada principale dell’abitato, pavimentata con acciottolato, si apriva l’agorà e tutti gli edifici pubblici, riguardanti l’amministrazione politica ed economica della città.
La piazza principale (o agorà) si suddivide in una piazza alta, verso nord, ed una piazza bassa, verso sud. Quella settentrionale è delimitata da portici (o stoài) su tre lati. Sulla parte a nord della piazza alta prospetta un lungo portico, che misura circa 90 metri. E’ il lato del gymnasium, cioè lo spazio riservato alle attività sportive dei giovani, fornito anche di ambienti di servizio, come spogliatoi e vasche per le abluzioni. La costruzione si fa risalire al III secolo a.C., regnante Gerone II.
Negli scavi archeologici effettuati negli anni 1982-1984, si è scoperta la presenza di una fontana monumentale, posta sull’estremità orientale del gymnasium. E’ divisa in due parti, con un'ampia scalinata e contornata da colonne in stile dorico. Presumibilmente, era destinata alle Ninfe, venne costruita verso la fine del III secolo a.C.
I restanti lati della piazza alta, sempre forniti di portico, presentano sul lato ovest una serie di vani destinati a negozi, mentre su quello ad est (che misura 87 metri), si aprono una serie di ambienti polifunzionali, probabilmente usufruiti dall’amministrazione della giustizia popolare, luoghi d’incontro, ma anche scuola. Sempre sul lato orientale, nei pressi del gymnasium, sono stati rinvenuti i resti di quello che doveva essere adibito a bouleuterion, cioè, il punto dove si riuniva il consiglio cittadino. La sala possedeva una configurazione a semicerchio, sicuramente fornita degli scanni dei membri dell’assemblea.

A sud-est dell’agorà superiore si incontra il cosiddetto macellum, un edificio che fu costruito sotto il dominio romano, nel II secolo a.C. Si tratta di un edificio commerciale, formato da tredici botteghe con porticati, che aggettano su un ampio cortile. Il suo orientamento è dissimile da quello delle circostanti costruzioni d’epoca greca, tanto che ingloba parte di una più antica area sacra, dove si notano ancora i resti di un grande altare di forma rettangolare.
Il raccordo altimetrico tra la piazza superiore e quella inferiore è risolto con la presenza di una gradinata trapezoidale. Il suo uso era quello di ekklesiasterion, cioè il luogo di riunione dell'assemblea cittadina. Una funzione molto importante in quanto l’assemblea si riuniva solo nella necessità di discutere gravi questioni amministrative e politiche. Tuttavia, fu lasciata incompleta verso la parte orientale.