Il museo archeologico regionale di Siracusa, ha un’origine antica. Esso deriva, infatti, dal Museo del Seminario, voluto dal vescovo Alagona, nel 1780. Successivamente, nel 1808, prese il nome di Museo Civico con sede presso l'Arcivescovado. Solo nel 1878 esso divenne Museo Archeologico Nazionale di Siracusa. Fu inaugurato, nella sua nuova sede di piazza Duomo, nel 1886.
Il museo è intitolato, non a caso a Paolo Orsi. Il famoso archeologo, infatti, lo diresse, dal 1895 al 1934, colmandolo, contemporaneamente, di oggetti rinvenuti nei suoi scavi. La grande quantità di reperti, contenuti nei magazzini, suggerì, però, di cercare una nuova collocazione museale, che fu individuata nell’area del giardino di villa Landolina.
 Grazie al lavoro dell'architetto Franco Minissi, nel 1988, fu inaugurata la nuova ampia sede di Villa Landolina. L’edificio, molto vasto (circa 9.000 metri quadri espositivi disponibili), fu aperto al pubblico progressivamente. Dapprima, solo il piano terra, poi, nel 2006, anche il piano superiore. Nell’edificio è anche disponibile, nel seminterrato, un capiente auditorium.
Nel 2014, è stato creato lo spazio, al piano superiore, per l’esposizione del Sarcofago di Adelfia, più altri oggetti provenienti dalle catacombe cristiane di Siracusa.

Oggi, il museo archeologico di Siracusa, nel suo genere, è uno dei più importanti d’Europa. Il vastissimo spazio espositivo, infatti, è colmo soltanto di reperti risalenti dal periodo preistorico a quello greco-romano, provenienti esclusivamente da scavi effettuati in Sicilia. Il museo presenta inizialmente, un’area riassuntiva dell’intero museo ed il resto suddiviso in 3 zone: preistoria, colonie greche ed epoca ellenistico-romana.
La zona A (preistoria), va dal Paleolitico superiore all’Età del ferro. Contenendo molte rocce e fossili, la sezione presenta un approfondimento geologico dell’area dei monti Iblei (Sicilia sud-orientale) e dell’intero Mediterraneo.
La zona B (colonie greche) riservata alle polis greche in Sicilia, va dal periodo dorico a quello ionico. Vi sono esposti pezzi provenienti dalle città siciliane di Leontinoi, Megara Hyblaea e Centuripe, per quanto riguarda l’area degli Iblei, ed  Akrai, Kasmenai, Camarina ed Eloro (tutte dominate da Siracusa), per quanto riguarda la parte più ad occidente, da Gela ed Agrigento. Tra le più belle statue esposte in questa sezione del museo, spiccano: la Venere Landolina, ritrovata a Siracusa nel 1804, un Kouros senza testa, scoperto a Leontinoi e la kourotrophos una bellissima figura di donna senza testa, con al seno due gemelli, trovata negli scavi della polis di Megara Hyblaea. Di dimensioni minori, ma altrettanto pregevoli, sono diverse statuette votive alla dea Demetra e Kore (di Megara Hyblaea). Vi è esposta anche una preziosa Gorgone.
In un’altra parte del museo (al primo piano), inaugurata nel 2006, è ammirabile dai turisti il Sarcofago di Adelfia, unitamente a varie monete greco-romane.
All’esterno del museo, nel parco di Villa Landolina, si possono vedere altri reperti, sempre d’epoca greca e romana, ma anche la tomba del poeta tedesco August von Platen.