Durante il governo di Costante II a Siracusa, diede alla città siciliana dei privilegi importanti, come la possibilità di coniare moneta. Qui furono prodotti i follares, monete contrassegnate col monogramma imperiale, e con l’incisione del busto dell’imperatore. La zecca siciliana produsse molti pezzi in tale periodo, che poi andarono scemando fino a bloccarsi del tutto nell’VIII secolo. Mentre Siracusa era la capitale dell’impero, avvenne la scissione della Chiesa di Ravenna da quella di Roma, con il decreto di «autocefalia» della Chiesa di Ravenna. La cosa portò nuova confusione in ambito religioso.
Arrivata la morte dell’imperatore tutte le carte furono scompigliate. Siracusa sarebbe rimasta la Capitale dell’Impero Romano d’Oriente? I siracusani tentarono di prendere l’iniziativa, incoronando un ufficiale armeno di nome Mecezio, strategos del tema di Opsician, tra l’altro anche contro la sua stessa volontà. A Costantinopoli la pensavano diversamente e nominarono il “vero” imperatore, il figlio di Costante, che fu chiamato Costantino IV Pogonato. A dirimere la questione furono le armi: Costantino si scontrò con Mecezio vincendolo presso Targia. L’armeno, fatto prigioniero, morì decapitato, e Costantino, per eliminare qualsiasi dubbio o speranza, prese il corpo del padre e lo riportò a Costantinopoli.  Ma la Sicilia non era contenta del governo bizantino e nel primo tentativo di trovare l’autonomia dell’isola, si ebbero le rivolte del 718, capitanata da Sergio, e del 781, capitanata da Elpidio, entrambe, però, soffocate nel sangue.
Nel 726 l’imperatore bizantino Leone Isaurico, iconoclasta, ordinò la distruzione di tutte le immagini sacre. In realtà lo scopo di un simile editto non era solo finalizzato alle immagini, ma, soprattutto, a limitare il potere della Chiesa di Roma e la presa che la religione aveva sulle masse popolari. Tant’è che nel 732, l’imperatore decise che la Chiesa siciliana fosse di pertinenza del  patriarcato di Costantinopoli, con la relativa confisca dei beni della Chiesa romana. I siciliani si opposero a tali provvedimenti e ne nacquero disordini e rivolte. Papa Gregorio II e, successivamente, papa Gregorio III, contrastarono i decreti bizantini, mentre l’impero d’oriente perdeva potere sulle provincie italiane. Tutto questo fino al concilio di Nicea, nel 787, che decretò la liceità del culto delle immagini. Nell'815, tuttavia,  l'imperatore Leone V Armeno  tentò di riprendere la strada dell’ iconoclastìa. Lo scontro tra Roma e Costantinopoli proseguì fino all'843, quando l'imperatrice Teodora pose fine al diverbio accettando la visione e la volontà papale.