Con la costruzione del Castello Ursino da parte di Federico II di Svevia, per la città di Catania inizia un periodo di grande fortuna politica. Non soltanto per l’organizzazione amministrativa, che non muterà fino al 1917, ma,  soprattutto, perché essa diviene il centro del potere in Sicilia. Già interessata come sede della corte itinerante di Federico II, che vi emanò editti e leggi, la città, al declino del casato Hohenstaufen e il successivo arrivo degli Angioini, si ritrova punto di scontro tra il dominio francese e le spinte autonomistiche siciliane. Nel 1295, infatti, si riunisce nel castello catanese, il Parlamento siciliano promulgò l’editto in cui dichiarava decaduto Giacomo II ed eleggeva Federico III re della Sicilia. L’anno successivo gli angioini a il loro re, Roberto d'Angiò, sferrarono un attacco contro Catania e il suo castello, impossessandosene. Nello stesso castello vide la luce Luigi d'Angiò figlio di Roberto e futuro re di Napoli, prima d’essere espugnato dalle truppe aragonesi. Re Federico elesse Catania a sede della propria corte, e così anche i successori Pietro, di Ludovico, Federico IV e Maria.
Al castello, nel 1337, si allestì la camera ardente per il re Federico III. Dieci anni dopo, nel 1347, al suo interno venne firmata la soprannominata  Pace di Catania fra Giovanni di Randazzo e Giovanna d'Angiò.
Catania fu scelta dai sovrani aragonesi di Sicilia (ramo parallelo del casato di Barcellona) come sede del re e della sua corte, a partire da Federico III a tutti i suoi discendenti fino al 1415.
Ospitò ancora la regina Bianca d'Evreux, ereditaria del regno di Navarra, moglie di Martino I di Sicilia (morto nel 1409) con cui tornò ad essere sede della corte del regno.
Il 25 maggio del 1416, re Alfonso il Magnanimo, convocò, nella sala dei Parlamenti del castello, un’assemblea di baroni e alti prelati siciliani. In essa avvenne il giuramento di fedeltà al Sovrano. Catania rimase sede reale fino ad agosto dello stesso anno. Nel 1434 lo stesso Alfonso il Magnanimo vi promulgò la fondazione dell’Università degli Studi di Catania.
Sempre nel Castello Ursino si riunì (nel 1460) il primo Parlamento siciliano del periodo aragonese-castigliano.