La Cappella è ultimata che già inizia la guerra col tempo.

Nel Trecento, al tempo della regina Elisabetta, iniziano i primi restauri. Nella seconda metà del '400 i Re Giovanni d'Aragona e Ferdinando il Cattolico fanno realizzare aureole dorate a gran parte delle figure profane e aggiungono altri santi laddove quelli passati erano danneggiati.

Nei primi anni del '500 Pietro Oddo demolisce le scene di caccia che ornavano il portico meridionale sostituendole con altre figure dell'Antico Testamento.

Alla fine del '700 e gli inizi dell'800 arriva, addirittura, la Scuola di Restauro fondata da Re Carlo III. La quale proprio perchè di “restauro” modifica molte opere d'arte siciliane in gran parte in barocco, o con trasformazioni del tutto inopportune. E ciò porta ad affermare molti che le opere di quel periodo come la Cappella Palatina d'oggi “non è' più, certamente,quella del XlI secolo... e con altrettanta sicurezza, che nessun monumento siciliano di quel secolo ha conservato meglio della Palatina l'aura e l'impronta d'origine.”