Il Re Ferdinando, mentre si profilava la sconfitta piemontese nella prima guerra d’indipendenza contro gli austriaci, non stava, di certo, con le mani in mano. Soffocò l’insurrezione napoletana e incaricò il generale Carlo Filangieri, principe di Satriano, di fare altrettanto con quella siciliana. Il generale, partito da Napoli il 30 agosto 1848, sbarcò a Reggio Calabria il primo settembre. Aveva con se due reggimenti svizzeri e un battaglione da sbarco, per un totale di circa sedicimila uomini. In più poteva contare sulle milizie borboniche della  Cittadella di Messina, al comando del generale Pronio, e dei presidi regi  di Augusta e di Siracusa. Sulla barricata opposta vi erano quattordicimila soldati, del tutto raccogliticci e impreparati, senza disciplina e buone armi, ma soprattutto mal guidati. Al rifiuto di Garibaldi di mettersi alla testa dell’esercito siciliano, questi ripiegarono sull’esule polacco Luigi Mieroslawski, sicuramente non dello stesso calibro del primo. Dopo aver studiato la costa messinese, Filangieri sbarcò con le sue truppe a Contesse, poco a sud della città di Messina, nella mattina del 6 settembre. Dopo scontri violenti e sanguinosissimi dei soldati contro i messinesi, la città venne accerchiata e presa la sera del 7 settembre. Mentre i borbonici prendevano senza colpo ferire Milazzo, intanto a Messina si infieriva sulla città, ma soprattutto sui cittadini. L’azione del generale e dei suoi soldati sui messinesi era tale che l’ammiraglio inglese Parker e quello francese Baudin imposero, letteralmente, al Filangieri, pena il loro intervento militare, un armistizio fino al 29 marzo 1849.

Nell’attesa della fine dell’armistizio, il governo siciliano, pur potendo contare su diverse opzioni, arruolò, come professionisti, soltanto un piccolo corpo di volontari stranieri e delle unità di guardie nazionali, il tutto agli ordini di vecchio generale francese, De Trobriand, ma che non fu mai impiegato in battaglia.

Il 28 febbraio 1849 fu inviato al Parlamento siciliano il soprannominato «atto di Gaeta», redatto da Ferdinando II, dove egli dettava le condizioni che avrebbe imposto alla Sicilia. Nonostante qualche indulgenza, come l’amnistia dei siciliani (tranne i capi) e una parvenza di democrazia (sarebbe stata governata da un viceré assistito da un consiglio di ministri e da un Parlamento separato da quello di Napoli), l’atto di per se disegnava una situazione che non era certo quella di indipendenza e autonomia di prima. Tra la scelta di accettare l’offerta (previa immediata e completa resa degli insorti) o rifiutare e combattere, il Parlamento scelse quest’ultima.
Si costituì subito un ministero di coalizione, venne mobilitata in quarto della guardia nazionale (il 9 marzo 1849), si decretò la chiamata alle armi dei Siciliani tra i diciotto e i trent’ anni (il 10 marzo) e fu autorizzata la formazione di una legione universitaria, alla guida  del La Farina (Il 20 marzo). In qualche città si iniziò, addirittura, a costruire opere di difesa, come trincee o fossi.
Il 26 marzo 1849,ancora sotto la tregua, si profilarono all’orizzonte del porto di Palermo  undici navi borboniche. Il 29 iniziarono le ostilità. La chiamata alle armi dei siciliani non sortì i risultati sperati. Nonostante la dura ed eroica resistenza (come nella difesa di Catania) il numero superiore di soldati borbonici, tutti esperti professionisti e ben armati, piegò la passione dei siciliani.
Il 14 aprile del 1849 l’ammiraglio francese Baudin si propose come mediatore per riprendere le trattative col governo borbonico. La questione fu portata in Parlamento e alla fine fu accettata. Il 19 di aprile il Parlamento siciliano si riunì per l’ultima volta. A malapena fu scongiurato il pericolo della guerra civile, il caos e l’anarchia. Il 15 maggio 1849, su richiesta del pretore Riso, il generale Filangieri entrò con le sue truppe a Palermo.
Sono rimasti famosi di questo periodo i bombardamenti delle popolazioni della città di Messina, Palermo, Catania e di tutte le altre città insorte, che guadagnò a Ferdinando II il soprannome di "re bomba".