Con il ritrovamento di alcune grandi necropoli, Milazzo si è scoperta area di possibili e fruttuosi scavi archeologici. Quattro le prime necropoli rinvenute: la prima risalente all'età del bronzo (XIV sec. a.C.) in contrada Sottocastello verso il Tono; la seconda in Piazza Roma; le ultime in Via XX Settembre (Protovillanoviana, X sec. a.C. e greca-arcaica del VII sec a.C.).

Nel 1934, durante lavori di ristrutturazione dell'antico convento di San Francesco di Paola (attualmente sede dell'Istituto Statale d'Arte), sotto la pavimentazione di una sala, venne alla luce un antico mosaico effigiante un giovane che tiene nelle mani un volatile. Due sono le datazioni attribuite al mosaico: la prima d’età romana (era degli Antonini), la seconda, addirittura, risalente al periodo ellenistico. E’ custodito in loco.

Una nuova necropoli preistorica è scoperta nel 1980 nella zona di San Papino. In essa sono rinvenute grandi anfore e corredi funebri databili all'età del bronzo ed al periodo greco- arcaico. Nel 1988 in contrada Ciantro, zona periferica di Milazzo, vengono alla luce tombe di età ellenistica, e tra i ritrovamenti spiccano alcuni modellini fittili di imbarcazioni con rematori. Sempre nel 1988, in un cantiere edilizio, proprio di fronte al Duomo nuovo, ecco apparire alcune tombe bizantine.

Se ciò non bastasse, nella pianura retrostante l’abitato milazzese, vengono ritrovate vestigia di un villaggio preistorico e di un’altra necropoli, stavolta d’età romana (in contrada San Giovanni).

Un discorso a parte meritano i ritrovamenti dovuti all’archeologia subacquea. Nel mare antistante il promontorio di Milazzo numerosissime sono state le informazioni di subacquei che hanno scoperto ancore romane e resti di navi qui naufragate. D’altra parte, è proprio nel mare di Milazzo che sono avvenute le battaglie navali del 260 a. C. (Prima Guerra Punica) e del 36 a. C. (Guerra civile romana).

I reperti prodotti dagli scavi milazzesi  sono esposti, per lo più, in sale dedicate dei musei di Lipari e Siracusa. Altro materiale rinvenuto è in mostra nell’Antiquarium Archeologico "Domenico Ryolo" di Milazzo.