Il museo è ubicato nel centro storico, in vicinanza del Teatro Massimo, a ridosso della via Roma.
 

La sede museale fu la Casa dei Padri

della Congregazione di S. Filippo Neri e fa parte del complesso monumentale dell'Olivella che comprende anche la chiesa di S. Ignazio e l'attiguo Oratorio.

li complesso architettonico, iniziato sul finire del XVI secolo su progetto di Antonio Muttone, fu completato nel XVII secolo.

A seguito della legge sulla soppressione degli ordini religiosi (1866), l'edificio, confiscato alla Congregazione, divenne sede del Museo Nazionale.

Da quegli anni ad oggi numerose sono state le trasformazioni che lo hanno interessato; non ultima quella relativa alla ricostruzione di un'intera ala andata distrutta con i bom- bardamenti dell'ultimo cònflitto bellico.
 

Le collezioni. li nucleo più antico del museo è costituito dalle collezioni provenienti dal Museo dell'Università istituito nel 1814.

A queste, negli anni, si sono andati ad aggiungere materiali provenienti da privati ed enti ecclesiastici, da acquisti, da ricerche archeologiche programmate e da scoperte casuali.
 

L'ordinamento non segue un criterio univoco, data l'eterogeneità delle collezioni dovuta alla formazione ottocentesca del museo. I criteri dominanti sono quello tipologico e quello topografico. L'esposizione si articola su tre piani.

Piano terra        
A cortile minore: collezione subacquea sala 1 reperti egiziani e fenicio-punici
sala 2 sarcofagi antropoidi punici
sala 3 epigrafi
sala 4 stde puniche da Selinunte
sala 5 terrecotte architettonichee sculture da Selinunte
sala 6 gronde leonine ddtempio di Himera sala 7 metope di Selinunte
sale 8 .11 collezione etrusca dei Conti Casuccini da Chiusi