Secondo alcuni studiosi le origini degli insediamenti nel territorio  sono fatte risalire ai tempi della diffusione del Cristianesimo ad opera di S. Pancrazio che vi si reca  per svolgere la sua opera di evangelizzazione. In quest'epoca l'antico nome di Petra è trasformato in Sanctus Petrus.
Per un certo periodo l'abitato è chiamato S. Pier Monforte, poichè compreso nel feudo di Monforte.
Per la vicinanza al Comune di Patti il toponimo è mutato in San Pietro Sopra Patti e così sarà chiamato fino al 1912, quando Vittorio Emanuele III decreta che il Centro sia denominato San Piero Patti.

Nel corso del IX secolo nella zona oggi chiamata Arabite si stabiliscono gli Arabi. In paese, precisamente nel vecchio quartiere di Quattro Facce esiste un arco chiamato dei saraceni.

Dopo la conquista ad opera di Ruggero d'Altavilla, le vicende del borgo seguono quelle della storia siciliana. Nel 1320 è concesso a Giovanni Manna, fino alla metà del Settecento, quando passa ai Corvino. Altri feudatari di San Piero Patti sono stati i baroni Orioles, dei quali il primo è stato Berengario.

Nel suo territorio sono stati edificati vari conventi: quelli della Madonna del Monte Santo, dei Carmelitani Riformisti, di San Francesco di Paola ( sec. XVIII).
Importante il palazzo Baronale dei Moncada, provvisto di carceri sotterranee.