Legata alla statua lignea della Madonna del Tindari non poteva che essere legata ad una leggenda.

Si narra che essa fosse trasportata via mare da una nave, che, per sfuggire ad una terribile tempesta, ormeggiò all’interno della baia. Il giorno seguente, nonostante numerosi tentativi, la nave non ne voleva sapere di riprendere il largo. Pensando che fosse colpo dell’eccessivo carico, i marinai trasportarono sulla spiaggia molto di esso, ma solo quando sbarcarono la statua, miracolosamente, poterono riprendere il viaggio.
I contadini del luogo, colpiti dal ritrovamento, pensarono di portarla sul monte che sovrasta i laghetti di Marinello, ponendola in una piccola chiesa ivi presente. I miracoli e la fama di essi piano piano si diffuse in ogni luogo, tanto che, per il gran numero dei pellegrini, la chiesetta dovette essere ampliata più e più volte.

In effetti, si disconosce quando la statua sia stata posta nella chiesetta del promontorio, a strapiombo sul mare di Marinello. Essendo realizzata in legno di cedro scuro del Libano, si suppone sia arrivata dall’Oriente nel periodo dell'iconoclastia, che va dal VIII al IX secolo (nel periodo di regno dell’imperatore bizantino Leone III l’Isaurico, 717 a. C. - 741 a. C.). Sua coeva è, probabilmente, la Madonna nera dipinta su legno di cedro del Libano, venerata nel santuario di Vena, nella zona di Piedimonte Etneo.
La chiesa originale fu distrutta da un assalto dei pirati algerini nel 1544. Prontamente fu riedificata tra il 1552 e il 1598.
Recentemente è stato realizzato un vero e proprio Santuario della Madonna Nera. Per volontà del vescovo Giuseppe Pullano, oggi godiamo di una splendida e ampia Basilica, inaugurata nel 1979.
Ogni anno, il 7 settembre, ivi viene festeggiata la Madonna Nera del Tindari.